Thánh Phanxicô Nguyễn Văn Trung sinh năm 1825 tại làng Phan Xá, tỉnh Quảng Trị. Mồ côi cha từ sớm, ngài được người mẹ hiền từ, đạo đức nuôi dưỡng và dạy dỗ trong đức tin. Ngài Trung kết hôn với một thiếu nữ cùng quê ở Phan Xá và sinh hạ bốn người con.
Theo truyền thống gia đình đạo hạnh, ngài Trung tận tâm giáo dục các con. Mỗi năm vào mùa Chay thánh, khi có linh mục đến giảng tĩnh tâm tại giáo xứ Phan Xá, toàn gia đình ngài đều nhiệt thành lãnh nhận các bí tích.
Với chức vụ cai đội, ngài Trung cùng mười một bạn đồng ngũ phải trải qua một kỳ thi tuyển chọn. Trong khi các bạn cùng đội của ngài đều hối lộ cho các quan khảo thí để đậu, thì chỉ riêng ngài Trung là không. Kết quả, tất cả đều trúng tuyển ngoại trừ ngài. Tuy nhiên, do các quan chia nhau số tiền hối lộ không đều nên đã nảy sinh mâu thuẫn. Câu chuyện đến tai vua Tự Đức và mười hai cai đội, kể cả ngài Trung, đều bị giam tù.
Đến năm 1859, trong lúc hải quân Pháp do phó đô đốc Rigault de Grenouilly chỉ huy tấn công vào bờ biển Đà Nẵng, vua Tự Đức cho các tù nhân, trong đó có ngài Trung, hai sự lựa chọn: hoặc tiếp tục thi hành án tù, hoặc tòng quân ra trận đánh giặc ngoại xâm. Cùng với các bạn đồng tù, ngài Trung tình nguyện lựa chọn tòng chinh để bảo vệ Tổ quốc. Tuy nhiên, do vẫn còn nghi ngờ về lòng trung thành của những binh lính theo đạo Thiên Chúa, nên vua Tự Đức yêu cầu họ phải làm lễ dâng hương và chà đạp Thánh Giá để thể hiện lòng trung thành. Riêng ngài Trung từ chối làm những điều trái với niềm tin Thiên Chúa giáo của mình nên bị giam vào ngục chờ xét xử. Trong thời gian này, ngài vẫn khuyên vợ rằng nếu ngài chết đi, bà cố gắng bình an nuôi dạy các con, đồng thời dặn dò đừng tái hôn.
Sáng ngày 06/10/1858, năm vị quan cấp cao cưỡi ngựa và 60 binh lính hộ tống ngài Trung ra pháp trường gần chợ An Hòa để chuẩn bị thi hành án. Trước giờ hành quyết, có linh mục Thoại nhắn tin cho ngài biết khi tới nơi, hãy nhìn thẳng phía trước và khi thấy một người cắn điếu thuốc đang cháy đứng đó, đó chính là linh mục. Lúc đó ngài hãy cúi đầu xưng tội để lãnh nhận bí tích giải tội lần cuối. Tuy nhiên, đến phút chót, các quan vẫn còn bất đồng ý kiến về việc có nên thi hành án tử hình ngài Trung hay không, vì sợ rằng việc đó sẽ làm cho quân Pháp có cớ chính đáng để tấn công. Do đó, họ quyết định hoãn việc thi hành án và tâu báo lên vua Tự Đức đợi chỉ thị.
Đến 8 giờ tối cùng ngày, án lệnh từ Điện Thái Hòa chuyển xuống, theo đó vua Tự Đức ra lệnh xử trảm ngài Trung. Các quan lập tức triệu tập ngài ra pháp trường để thi hành án. Ngài Trung đã quỳ gối chịu trảm và hy sinh vào ngày 06/10/1858. Đến ngày 08/10/1858, giáo dân đã rước thi hài ngài về an táng trong nhà thờ giáo xứ Dương Sơn.
Ngày 02/05/1909, cai đội Phanxicô Nguyễn Văn Trung được phong chân phước và sau đó vào ngày 19/06/1988 đã chính thức được phong hiển thánh.