Thánh Phêrô Nguyễn Khắc Tự sinh năm 1808 tại tỉnh Ninh Bình. Thầy dâng hiến cuộc đời mình để phục vụ trong vai trò thầy giảng ở Giáo phận Tây Đàng Ngoài. Năm 20 tuổi, thầy Tự đến giúp đỡ thừa sai Pierre Dumoulin Borie - Cao.
Khi vị chủ chăn Tây Dương bị bắt giữ, thầy Tự cũng xin được đi theo. Đức Giám mục Borie - Cao lo lắng trước những cảnh tra tấn, đòn roi, hầm rắn độc mà thầy sẽ phải chịu. Hiểu ý Đức Giám mục, thầy Tự bày tỏ lòng nhiệt thành và hứa sẽ trung thành đến cùng, nhờ lời cầu nguyện của ngài cùng ơn Chúa giúp sức.
Thầy Tự cùng bị bắt với Đức Giám mục Borie - Cao tại Bố Chính, bị đóng cùm xiềng rồi giải về Đồng Hới. Tại công đường, vì từ chối đạp lên Thánh Giá, thầy bị đánh 20 roi đòn. Quan hứa nếu thầy thành thật khai báo các làng đạo đã đi qua, hoặc nếu chối đạo, thì sẽ thả tự do về quê. Không cần suy nghĩ, thầy Tự đáp: “Thưa quan lớn, con thà chết còn hơn từ bỏ đức tin”. Một trận đòn dữ dội giáng xuống, rồi lính kéo thầy ra phơi nắng suốt ngày.
Mười ngày sau, quan dụ dỗ thầy khai báo như những lần trước, nhưng thầy vẫn kiên định từ chối. Quan ra lệnh đánh đập thầy, rồi nhốt vào hầm đầy rắn độc, nhưng thầy vẫn bình an vô sự.
Điều an ủi lớn nhất của thầy trong tù là được giam chung với Đức Giám mục Borie - Cao. Gương mẫu của ngài đã nâng đỡ thầy trong những lúc thử thách niềm tin gay go. Hơn nữa, thầy còn được cha Ngân ban Bí tích Giải tội và Rước lễ.
Đến giờ hành quyết, thầy Tự nằm xuống để lính xiết dây thừng qua cổ thi hành án, vào ngày 10/07/1840 tại pháp trường Đồng Hới dưới triều Vua Minh Mạng.
Thầy giảng Phêrô Nguyễn Khắc Tự được phong chân phước vào ngày 27/05/1900 và được tôn phong hiển thánh vào ngày 19/06/1988.