Thánh Micae Nguyễn Huy Mỹ sinh năm 1804 tại trại Đại Đăng, huyện Vân Sàng, tỉnh Ninh Bình ngày nay. Ông là con trai cả của ông lý Mỹ, tên thật là Nguyễn Huy Diệu, quê ở làng Kẻ Vĩnh.
Năm 10 tuổi, ông Mỹ mồ côi cha và năm 12 tuổi mồ côi mẹ, phải ở với người dì. Dì cho ông học chữ Nho và nghề thuốc. Năm 20 tuổi, ông kết hôn với bà thị Mến, con gái ông trùm Đích ở làng Kẻ Vĩnh. Dù còn trẻ tuổi nhưng ông Mỹ đã nổi tiếng là người thông minh, tài giỏi và ăn nói lưu loát.
Khi làng Kẻ Vĩnh cần bầu cai tổng mới, người dân đề cử ông Mỹ nhưng ông từ chối. Sau đó, theo lời Đức cha Du, ông Mỹ nhận lãnh chức lý trưởng để bảo vệ Nhà thờ và giúp đỡ người dân trong thời kỳ cấm đạo. Từ đó, mọi người gọi ông là lý Mỹ.
Khi còn nhỏ, ông Mỹ đã có tiếng nết na đạo đức. Khi lập gia đình, đức tin của ông càng vững vàng hơn. Ông không uống rượu, không đánh bạc, chỉ tập trung vào công việc, gia đình và đức tin. Vợ chồng ông sống hòa thuận, thương yêu nhau. Ông thường giúp đỡ người nghèo khó. Đức cha Liêu, giám mục Tây Đàng Ngoài, làm chứng rằng Nhà thờ và người dân Kẻ Vĩnh được ông Mỹ giúp đỡ rất nhiều. Khi giúp ai việc gì, ông không nhận lại bất cứ sự đền đáp nào. Ông không bao giờ ăn hối lộ, xử án công minh, trừng trị người có tội mà không vị nể. Nhờ vậy mà làng Kẻ Vĩnh được xem là yên ổn hơn các làng khác.
Thời ông Mỹ làm lý trưởng cũng là lúc vua Minh Mạng đàn áp Công giáo gắt gao. Trước tình hình đó, ông luôn kiên định đức tin và thường xuyên động viên mọi người bền chí theo đạo. Khi quan Tuần phủ Nam Định Trịnh Quang Khanh bắt lính theo đạo phải bước qua thánh giá, ông Mỹ đang ở xa liền gửi thư khuyên họ đừng làm vậy.
Sáng 11/5/1838, khi lính Tuần phủ vây làng Vĩnh Trị, ông Mỹ báo tin cho cha vợ và nói: “Cha con đồng sinh đồng tử với nhau. Việc Đức Chúa định đã đến”. Lúc đó quan Trịnh Quang Khanh ngồi trên thuyền tại đình làng, triệu tập người trong làng đến điểm danh, bắt nộp các “trưởng đạo”, nếu không sẽ bị chém đầu. Ông Mỹ cam kết nếu bắt được trưởng đạo thì sẽ nộp.
Ngay sau đó, quan Khanh bắt cha Năm và ông trùm Đích nộp lên. Ông Mỹ bị đánh đòn, đóng gông và giải cùng hai người kia ra tỉnh thẩm vấn. Tuy bị tra tấn nhưng ông vẫn kiên định đức tin.
Ngày 12/8/1838, sau khi nghe phán quyết tử hình của vua Minh Mạng, cả ba người chuẩn bị tinh thần và rước Mình Thánh trước khi bị chém đầu cùng ngày tại pháp trường Bảy Mẫu, Nam Định.
Ông Nguyễn Huy Mỹ được phong Chân phước ngày 27/5/1900 và được phong Hiển thánh vào ngày 19/6/1988.